主人公是一名高中生少年。
某天在一个神秘的梦境之中，被追问是否愿意解救一名被封印的少女。
根据做出的选择，故事将会出现两项分歧。
一个是可游玩“创世女神篇”的剧情，亦是《真・女神转生Ⅴ》中所描述的故事，主人公被卷入天使与恶魔的战争，赌上世界的未来而投身战场。
另一个则是“复仇女神篇”，主人公会与在化为沙漠的东京里相遇的少女，一同挑战世界之谜，以及面对来自过去遭受迫害者们的复仇。

无论是已玩过真Ⅴ或是趁此机会初次游玩本系列的玩家都能充分享受游玩乐趣，正统 RPG 在此登场！

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